2002年冬天,横浜大桥突然被战斗机炸毁,媒体虽然报导此为自卫队战机所为,但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤(大林隆介 配音)队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年,日本陆上自卫队的机器人小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云(榊原良子 配音)原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰,处于戒严状态的东京面临着大搔乱,人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下,后藤(大林隆介 配音)和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉(千叶繁 配音)、篠原(古川登志夫 配音)等特车二课原来的成员们,启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……当申屠信的得力手下。单打独斗能力在申屠信手下排第一的高手暴龙带着一队二十人的精锐小队把陈源老家包围住的时候,事情的发展完全粉碎了他们的预期。